当部署は、市の機関ではありますが、特別会計で事業を行っていることから、市とは会計が異なります。このような場合、法人番号は個別に指定されるのでしょうか。

 法人番号は、1法人に対し1番号のみ指定されますが、地方公共団体も同様に1地方公共団体に対して1番号のみが指定されます。そのため、地方公共団体を構成する機関や下部組織、部局、出先機関には、法人番号は指定されません。
 市とは会計が異なる場合でも、貴部署は市の機関であることから、貴部署に対して個別に法人番号が指定されるものではありませんので、市の法人番号をご使用ください。
 なお、公立の病院や学校、教育委員会なども同様です。